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Exemple de 1 mostra

11-08-2020

Mehrere Methoden wurden entwickelt, um auf genetische Diskontinuität zu testen. Die heutigen genetischen Daten können bis heute von entscheidender Bedeutung sein und serielle Gründerereignisse quantifizieren, die zu Isolationsmustern führen. Sie können uns jedoch nicht über vollständig ersetzte Populationen informieren, da sie ausgestorben sind und keine modernen Nachkommen übrig blieben. Serielle Probenahmen, die die Zeit für den potenziellen Populationsersatz umfassen, bieten einen Rahmen für die direkte Prüfung der Hypothese der genetischen Kontinuität im Laufe der Zeit. Direkte Abstammung kann beispielsweise visuell mit Genomprojektionen erforscht werden (Yang und Slatkin 2015), die die Unterschiede in abgeleiteten Allelfrequenzen (DAF) in einem Testgenom relativ zu einem Referenzpanel aus einer einzigen Population zusammenfassen (Yang et al. 2014). Der Unterschied in DAF wird separat für jeden Frequenzabschnitt des entfalteten Standortfrequenzspektrums (SFS) berechnet und berichtet von einem Muster, das im Falle der direkten Abstammung einzigartig ist und sich von dem unterscheidet, das durch potenziell verwirrende evolutionäre Szenarien erzeugt wird. Das beobachtete Muster besteht aus einem Defizit abgeleiteter Allele in den Ahnengenomen, was die zusätzliche evolutionäre Zeit widerspiegelt, die zu absteigenden Populationen führt. Neben klassischen Vorurteilen im Zusammenhang mit phylogenetischen Rekonstruktionen (z.B. Hagen et al. 2015) können bei der Betrachtung zeitlich beprobter DNA-Daten zusätzliche Probleme auftreten. Als gängige Annahme in der Phylogenetik ist, dass alle Proben Tipps sind, direkte Abstammungsbeziehungen sind nicht erlaubt, was Parameterschätzungen beeinflussen kann, wenn nicht richtig modelliert (Gavryushkina et al.

2014). Darüber hinaus können überhöhte Sequenzfehlerraten aus umfangreichen DNA-chemischen Reaktionen nach dem Tod herleiten (Briggs et al. 2007; Sawyer et al. 2012), was zu erheblichen Überschätzungen der Substitutionsrate, verzerrenden Astlängen und möglicherweise der wahren Topologie des phylogenetischen Baumes führt (Abb. 1). Andere Fragen beziehen sich auf die Tatsache, dass alte DNA-Studien sich traditionell auf haploide und uniparentaler Loci konzentriert haben, wie das Y-Chromosom und, noch häufiger, mtDNA aufgrund seiner hohen Kopierzahl pro Zelle (Pakendorf und Stoneking 2005). Diese Marker können äußerst nützlich sein, um geschlechtsspezifische Prozesse zu untersuchen, wie z. B.

die jeweiligen Beiträge von Stuten und Hengsten während der Pferdedomestizierung (Vila et al.